El CIBERER está formado por 62 Grupos de Investigación, pertenecientes a instituciones de naturaleza diversa: Hospitales Universitarios, Universidades, Organismos Públicos de Investigación, como el propio Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y el Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas (CIEMAT), y Centros de Investigación de las Comunidades Autónomas. Cada uno de estos grupos constituye una Unidad CIBERER.
El CIBERER integra un amplio equipo humano de más de 700 personas, constituido por una amplia plantilla de investigadores propia y miembros de los grupos como personal adscrito al CIBERER. Este amplio equipo está formado por investigadores biomédicos, básicos y clínicos, técnicos de investigación y personal de gestión.
El CIBERER, área temática del CIBER, está regido por el Consejo Rector y la Comisión Permanente. La estructura de organización está compuesta por la Dirección Científica a cargo del Dr. Francesc Palau que junto al Comité de Dirección coordina la actividad de los 7 Programas de Investigación (PdI) en los que se distribuyen los grupos CIBERER. La Unidad Técnica CIBER y el equipo de gestión Científica ofrecen el soporte administrativo y técnico necesario para el funcionamiento de la institución.
