La estructura básica de CIBERER se constituye en Programas de Investigación (PdI), que permiten la agrupación de las unidades CIBERER según sus áreas de interés científico. La organización en PdI permite optimizar la orientación de los recursos, fortalecer los grupos de investigación, fomentar la colaboración científica, técnica y clínica, para así mejorar los resultados científicos y, obtener un mayor grado de cumplimiento de los objetivos estratégicos planteados.
Se consideran 7 programas teniendo en cuenta el aspecto fundamental biológico e histórico que caracteriza a cada una de las ER, bien aisladamente, bien como grupo nosológico de enfermedades:
Los grupos de investigación se incorporan a los diferentes PdI en función de las enfermedades en las que desarrollan su labor científica y los aspectos que sobre ellas investigan. Los grupos se integran en un programa mediante su participación en Líneas de Investigación definidas sobre la base del propio programa y de la enfermedad o grupo de enfermedades sobre las que realizan la investigación más relevante de su grupo en el ámbito de las ER.
