Un equipo de investigadores del Instituto de Oncología de la Universidad de Oviedo (IUOPA) y el Centro de Investigación Biomédica en Red de Cáncer (CIBERONC) ha podido explorar por primera vez las regiones repetitivas del genoma humano en más de 2.200 tumores humanos. Esto les ha permitido identificar una mutación en el gen snRNA U2 que está presente en distintos tipos de tumores hematológicos, como leucemia linfática crónica, varios tipos de linfoma, así como en cáncer de próstata.
Alrededor del 50% del genoma humano es lo que se conoce como genoma basura, fragmentos repetidos por todo el genoma y sin función conocida. El estudio que publica hoy la revista npj Genomic Medicine describe por primera vez la relevancia de estas regiones en la progresión tumoral. Mediante el desarrollo de una nueva herramienta bioinformática, denominada Armadillo, los investigadores han podido explorar la presencia de mutaciones en estas regiones. El análisis de más de 2.200 genomas completos pertenecientes a 20 tipos de cáncer distintos, permitió identificar varios genes repetitivos mutados recurrentemente. La alteración más frecuente afecta a un gen muy pequeño, que no codifica proteína, pero que es esencial para la maduración de la mayor parte de los genes expresados por las células.
El estudio ha sido liderado por Xose S. Puente, catedrático de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad de Oviedoe investigador del CIBERONC, y han participado investigadores de cinco instituciones, incluyendo Elías Campo, director del IDIBAPS, director de Investigación del Hospital Clínic de Barcelonay jefe de grupo del CIBERONC, Lincoln Stein, del Instituto de Investigación del Cáncer de Ontario, o Milagros Balbín, jefa del Laboratorio de Oncología Molecular del HUCA.
La identificación de mutaciones en el gen U2 pone de manifiesto la relevancia de la maduración del RNA en cáncer, ya que estos autores descubrieron hace unos años que el gen U1, también implicado en el mismo proceso, está mutado en numerosos tumores y confiere un peor pronóstico. “Cuando realizas una búsqueda a ciegas y encuentras un gen que participa en el mismo proceso que otros descritos anteriormente, esto confirma la relevancia de este proceso en el desarrollo tumoral”, señala Pablo Bousquets Muñoz, primer autor del artículo.
Durante los últimos 13 años, el Consorcio Internacional de Genomas del Cáncer (ICGC) ha venido secuenciando el genoma de más de 20.000 tumores de los principales tipos de cáncer, con el objeto de identificar los genes mutados en estos tumores. “El hallazgo de mutaciones en estas regiones ocultas del genoma refleja la necesidad de continuar descifrando las alteraciones genéticas de los tumores”, comenta el Dr. Xose Puente. “Poco a poco hemos ido completando el catálogo de genes mutados en cada tipo de cáncer, y esta información constituye la base de la medicina de precisión, cuya implantación en el sistema nacional de salud se encuentra cada vez más cerca gracias a varios proyectos piloto en los que estamos colaborando”, añade.
La investigación pone de manifiesto la importancia de que los datos genómicos generados por diferentes proyectos sean públicos. De esta manera, a medida que se generan nuevas herramientas de análisis, los investigadores puedan reanalizar estos datos, cuya generación ha llevado más de una década y el trabajo de miles de investigadores. Esto facilita el hallazgo de nuevas alteraciones, algunas de las cuáles proporcionan información útil para el diagnóstico o pronóstico de los pacientes, y contribuye a un mejor conocimiento de las causas moleculares del cáncer.
Esta investigación ha sido posible gracias a la financiación del Ministerio de Ciencia e Innovación, la Fundación Científica AECC, Fundación bancaria “la Caixa”, CIBERONC y el Instituto de Salud Carlos III.
REFERENCIA
DOI 10.1038/s41525-022-00292-2
